自2008年福建土楼申遗成功以来，漳州市委、市政府十分重视福建土楼的保护和可持续发展工作，坚决反对和纠正重开发、轻保护现象，坚持“有效保护、统一管理、科学规划、永续利用”的原则，正确处理好遗产保护与旅游开发、遗产保护与居民生活及土楼民俗保护与现代生活的关系，使土楼的真实性和完整性在申遗成功后得到延续。
一是处理好土楼文化遗产的保护与开发旅游资源的关系。我市始终把保护放在第一位，严防“开发性”破坏。不管是在土楼的保护方面，还是在旅游开发的规划与建设方面，都以“有利于更好地保护土楼”为唯一标准，严格执行《福建省“福建土楼”文化遗产保护管理办法》，发挥好旅游局、建设局、世遗办、土楼管委会等专门管理机构作用，促进土楼资源的科学利用。目前南靖、华安都已基本完成土楼总体保护规划的编制工作。南靖还设立了世界文化遗产保护基金，由县财政每年拨出一部分资金作为土楼保护维修专项资金。华安县先后共投入1.23亿元资金进行房屋拆迁改造、“三杆”迁移，博物馆建设以及周边环境绿化美化。
二是处理好土楼文化遗产的保护与土楼居民生活的关系。土楼的业主和土楼所在地的村民，是土楼保护管理的利益相关者，他们的参与程度，是保护管理工作能否按照规划管理的重要保证。我市对维护土楼业主和所在地村民的利益非常重视，门票收入除用于土楼的维修、管理外，还提取一定额度贴补楼内居民，激励居民积极参与保护行动，鼓励楼民及周边群众开办农家旅馆、地方餐饮，既方便外地游客，又增加楼民收入，使楼民真正得到实惠。
三是处理好福建土楼文化遗产地民俗保护与现代生活的关系。与土楼相依存的生产、生活习俗、民俗风情、传统艺术等非物质文化遗产和土楼本体一起，组成了福建土楼“活的世界遗产”。为适应现代生活的需求，南靖、华安县通过埋设隐蔽用电线路、饮水管道、改造传统茅厕，在保留传统灶台的基础上改用隐蔽电器和燃气具等方式，既改善了遗产地居民的生活条件，又不改变其原有的生活习俗，最大限度地保护了文化遗产的真实性和完整性。
